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miRNA研究技术---MicroRNA高通量测序

   microRNA(microRNA)是一类大小为21-23nt的非编码小RNA分子,通过沉默或降解其靶点mRNA分子调控基因表达。大量研究表明,microRNA在正常发育过程以及疾病发生过程中具有重要的作用,在诊断和治疗领域具有光明的应用前景。然而目前研究microRNA的方法主要是通过实时定量PCR以及基因芯片技术,这些方法主要关注microRNA的表达与定量,并仅局限于研究那些序列信息或二?#27602;セ方?#26500;信息已知的microRNA,无法寻找和发?#20013;?#30340;microRNA分子。

   基于Illumina高通量测序平台的microRNA测序技术突破了目前研究技术手段上的局限性,使研究人员能够直接对样本中指定大小的所有microRNA分子进行高通量测序,在无需任何序列信息的前提下研究microRNA的表达谱并在此基础上发现和鉴定新的microRNA分子,并提供了更加灵活和深入的研究分析方法,这是传统的研究方法所无法比拟的。


  技术路线


  数据分析

(1) 基本数据分析

  数据产出统计:对测序结果进行图像识别(Base calling),去除污染及接头序列;统计结果包括:测定的序列(Reads)长度、Reads数量、数据产量。

(2) 高级数据分析

 a) microRNA长度分布统计以验证实验可靠性;

 b) microRNA碱基使用偏好性鉴定以检验数据质量;

 c) 将测序得到的序列与miRBase14.0,已知rRNA、tRNA、重复区、RefSeq数据库比对,对已知microRNA进行注释;

 d) 将测序得到的序列与该物种全基因组序列进行比对分析,通过折叠模型预测新的microRNA;

 e) 不同组织microRNA表达谱分析;

 f) 组间microRNA差异表达分析;

 g) microRNA表达模式聚类分析;

 h) microRNA作用靶基因预测

 技术特点

(1) 高通量   SOLiDTM系统每次运行产生400M以上的可定位数据;

(2) 高灵敏度    可以检测单个细胞中一个拷贝的microRNA;

(3) 高精度    可以检测microRNA单个碱基的差异;

(4) 不受先验信息的干扰   既能鉴定已知microRNA,又有能力发?#20013;?#30340;microRNA;

 样品要求 

(1)样品纯度要求: OD值应在1.8至2.2之间;电泳检测28S:18S至少大于1.5。

(2)样品浓度: total RNA浓度不低于750ng/ul;样品总量不低于40ug(Small RNA: total RNA大于0.3%)。或提供浓度大于2ng/ul,总量大于180ng的Small RNA样品。

(3)请提供Small RNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来?#30784;?#35831;同时附上QC数据,包括电泳?#21644;肌?#20998;光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备,需要提供多次样品制备所需样品。
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